・「起動時ダイアログを表示しない」にしてるのに
　表示してしまう。
　「リセット」ダイアログで「毎回起動時に確認する」を設定している場合には、必ず表示されます。こっちの設定の方が優先されるということですね。表示させたくないときには他の設定にしてください。

・「起動時ダイアログ」の閉じるのが早い気がする。
　自動的に閉じる「タイマー」のセットと、ダイアログが表示するまでの間が離れてしまうと、その分だけ早く閉じることになります。特に、ウィンドウズ立ち上げ時の処理が重いときにこのようなことになりやすいようです。幾分多めに時間を取ることをお奨めします。

・「終了時ダイアログ」が閉じずにウィンドウズが終了する。
　画面がそうなってるだけで、内部的には閉じています。ちょっと気持ち悪いかもしれないですが（汗）。

・「強烈なメッセージ」の消し方は？
　あれは画面に表示されてるだけで、例えば「グラフィックアプリケーション」とかを使ってるときに表示しても、その文字が描き込まれるといったことはないので安心してください。何かのウィンドウを最大化・最小化すれば消えるでしょう。